La historia del juego sigue el argumento desarrollado por Masashi Kishimoto para Naruto Shippūden en su recta final. De este modo, el videojuego relata los hechos acaecidos durante la Cuarta Gran Guerra Ninja3. Comienza con la batalla en el pasado entre Hashirama Senju y Madara Uchiha en el Valle del Fin4, continuando con el combate de Naruto y Obito antes de descubrir su identidad5. Finalmente abarca hasta el último combate de Naruto y Sasuke en el Valle del Fin6. A diferencia de los otros Storm7, el modo historia original no cuenta con un modo aventura.
Modo aventura
Esta modalidad consiste en historias secundarias que ocurren tras el final del Modo Historia. Presenta un mundo libre donde se puede escoger entre 3 personajes: Naruto, Shikamaru y Gaara8, contando cada uno con unas misiones diferentes. Entre los lugares visitables, destaca la Villa Oculta de la Hoja, la Lluvia, la Arena, la Nube, el Bosque de la muerte o la guarida de Orochimaru9. Presenta varios tipos de misiones, incluyendo principales, secundarias, de ayuda y eventos repentinos.
Combate libre
Este modo de juego permite participar en combates personalizados, en los cuales se puede escoger a cualquier personaje y escenario, además de modificar ajustes como la duración. Esta modalidad cuenta con las siguientes opciones: Torneo, Duelo, Liga, Supervivencia y Entrenamiento.10
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